Sau khi rời ngôi, ông trở thành Thượng hoàng và tiếp tục thi hành chính sách Viện chính của các Thiên hoàng tiền nhiệm. Năm 1259, ông buộc con trai phải nhường ngôi cho chú của mình là thân vương Tsunehito (tức Thiên hoàng Kameyama). Hoàng tử Munetaka được ông cử làm Shogun thứ 7 của Mạc phủ Kamakura (1252 - 1276), nhưng quyền lực thực tế lại thuộc về các quan nhiếp chính họ Hōjō.

Việc Thiên hoàng Kameyama lên ngôi dẫn tới việc hoàng gia chia thành hai nhánh: Nhánh của Go Fukakusa có tên là nhánh Jimyōin-tō (Trì Minh Viện thống) và nhánh của Kameyama có tên là Daikakuji-tō (Đại Giác Tự thống). Và việc hoàng gia phân thành hai nhà cũng tạo đấu mối cho những căng thẳng và bất hòa sâu sắc. Để hòa giải, shikken của Mạc phủ là Hōjō Nagatoki (1256 - 1264) đưa ra đề án hòa giải bằng cách yêu cầu hai nhà "thay phiên" nhau làm vua. Việc đó sử Nhật gọi là ryōtō tetsuritsu (lưỡng thống điệt lập, mà điệt có nghĩa là thay phiên). Sự luân lưu giữa hai nhà kéo dài đến năm 1318[5] thì dứt (thời Thiên hoàng Go-Daigo)

Trong năm 1272, Go-Saga chết.

Kugyō

• Quan bạch: Konoe Kanetsune, 1242
• Quan bạch: Nijō Yoshizane, 1242–1246
• Quan bạch: Ichijō Sanetsune, 1246
• Tả đại thần
• Hữu đại thần
• Nội đại thần
• Đại nạp ngôn

Niên hiệu

• Ninji (1240–1243)
• Kangen (1243–1247)